Improve description of analytical limitations in reports

[talnor]

Is your feature request related to a problem? Please describe.

Analytical limitations is sparsely described in the microSALT report.

Current descriptions are included below.

The descriptions should e.g. include the following:

• Analytical limitations of the bioinformatic analysis
• Limits of detection
• More thorough description of prep and sequencing method.

Describe the solution you'd like
Improve descriptions according to SWEDAC requirements.

• Remove text Analysen kan enbart beställas av gruppen Klinisk Mikrobiologi.
• Decide what information should be added
• Update text in reports

Additional context

Limitations in QC-report:

Tillförlitligheten hos resultaten förutsätter att informationen som bifogats från kund är korrekt.

Limitations in typing report:

Analysen kan enbart beställas av gruppen Klinisk Mikrobiologi. Laboratoriet har inte haft ansvar för provtagningsstadiet och extraktion, resultaten gäller för provet såsom det har mottagits. Typningen begränsas av den information som vid analys återfinns i de publikt tillgängliga databaserna pubMLST och resFinder. Tillförlitligheten hos resultaten förutsätter dels att informationen som bifogats från kund är korrekt. Dels att proverna uppnår de fördefinierade tröskelvärdena; och dels att de organismerna som analyseras har tidigare manuellt verifierats tidigare av personal på Clinical Genomics.

Technical Description

Mikrobiell helgenomssekvensering av rutinprov, med krav på minst 3 miljoner läspar. Nextera library preparation.

[talnor]

Some notes after discussion with AL

• Description of limitations should be similar to that in the typing report, skipping the typing specific information.
• Sequencing information should be added: PE 2*150 NovaSeq 6000 currently, but NovaSeqX in a month or so. Deviations from the standard sequencing platform can be communicated in ticket.
• Could mention that some regions are difficult to sequence including GC-rich, and repeat regions. May therefore be species-dependent.
• Correct typing results can only be made for samples that pass the quality thresholds.
• Specify that QC results are dependent on using the correct reference genome.
• Skip the measurement uncertainty information from the microSALT documentation. The number of validation samples available still makes this information too uninformative.

For more information, there is a complete description of information that is required (for accreditation) in the delivery report in atlas.

[talnor]

Suggestion:

QC report

Limitations

Laboratoriet har inte haft ansvar för provtagningsstadiet och extraktion, resultaten gäller för provet såsom det har mottagits. Sekvensering på Illumina plattformen kan ge svårigheter att korrekt återge genomsekvenser i GC-rika regioner samt regioner med långa mononukleidsekvenser. Tillförlitligheten hos resultaten förutsätter att informationen som bifogats från kund är korrekt, att proverna uppnår de fördefinierade tröskelvärdena, samt att de organismer som analyseras har tidigare manuellt verifierats av personal på Clinical Genomics. Samtliga kvalitetsparametrar är beroende av valet av referensgenom som bör vara likartad provet.

Technical Description

Mikrobiell helgenomssekvensering. Preparerat med Nextera library preparation och sekvenserat med NovaSeqX, paired-end 150 bp, med minst 3 miljoner läspar.

MLST report

Limitations

Laboratoriet har inte haft ansvar för provtagningsstadiet och extraktion, resultaten gäller för provet såsom det har mottagits. Sekvensering på Illumina plattformen kan ge svårigheter att korrekt återge genomsekvenser i GC-rika regioner samt regioner med långa mononukleidsekvenser. Den bakteriella typningen begränsas av den information som vid analys återfinns i de publikt tillgängliga databaserna pubMLST och resFinder. Tillförlitligheten hos resultaten förutsätter att informationen som bifogats från kund är korrekt, att proverna uppnår de fördefinierade tröskelvärdena, samt att de organismer som analyseras har tidigare manuellt verifierats av personal på Clinical Genomics.

Technical Description

Mikrobiell helgenomssekvensering. Preparerat med Nextera library preparation och sekvenserat med NovaSeqX, paired-end 150 bp, med minst 3 miljoner läspar.

[vwirta]

Looks great @talnor!
I think we can revise the 'paired-end 2*150bp' to 'paired-end 150 bp'

[talnor]

Looks great @talnor!
I think we can revise the 'paired-end 2*150bp' to 'paired-end 150 bp'

Good suggestion! Makes it more clear. Fixed above.